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上海儿童医学中心麻醉科在1998-2007年之间隶属新华医院麻醉科，2007年独立建科，2009年学科建设二次创业发展，由最初的4名麻醉医师发展到目前的39名麻醉医生和21名麻醉护士，其中，主任医师4名、副主任医师5名、主治医师16名，具有博士学位者11人，具有硕士学位者22人，博士研究生导师2名，硕士研究生导师2名。麻醉科以心血管麻醉、器官移植麻醉、脊柱手术麻醉和新生儿麻醉等为特色。常规开展超声引导下血管穿刺置管和神经阻滞、床旁超声评估重要脏器功能、小儿单肺通气、自体血回输、叠滨厂监测小儿麻醉深度、围术期肌松监测和凝血功能监测。麻醉科每年麻醉人数已超过25000余例，其中小儿心血管麻醉人数已逾3800例，堪称世界之最。麻醉科还在手术室外承担心脑血管介入治疗麻醉、小儿放射学检查的麻醉、小儿内镜检查和治疗麻醉等。至今上海儿童医学中心麻醉科仍保持着多项国内纪录，包括严重紫绀的新生儿出生后2小时在全身麻醉和体外循环下成功完成先心病根治手术；为爆发性心肌炎患儿进行心脏移植手术成功实施麻醉；在麻醉科全力配合下，多科室共同参与，成功分离联体儿4对，并在分离术后即刻对其中的一对实施了先心病纠治术。
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