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上海儿童医学中心心内科建立于1974年，是国内较早的儿科叁级学科之一，1999年4月从新华医院整体搬迁至上海儿童医学中心。经过近50年的艰苦创业，心内科已发展为集医、教、研一体的国内领先的小儿心脏病诊治中心，卫生部指定国内唯一具有先天性心脏病介入治疗培训资质的儿童医院，新农合先天性心脏病定点诊治医院。同时也是国家211工程建设学科、国家教委及市教委重点学科儿科学的主要组成部分，2001年成为上海市批准的首批临床医学中心之一。

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